简介： 本发明公开一种检测废水系统中氨氧化菌群落结构和丰度的方法，具体步骤包括：（A）提取废水系统活性污泥中微生物的全部基因组DNA；（B）以全部基因组DNA为模板，以序列号为SEQIDNo.1的amoA1F和序列号为SEQIDNo.2的amoA2R为引物进行PCR扩增；（C）以罗氏454焦磷酸测序法对扩增产物进行测序，对测序结果运用Mothur程序划分操作分类单元，选择操作分类单元中具有99%相似度的代表性序列与数据库GenBank中公开序列进行在线BLASTn比对，根据比对结果划分系统进化树，得到氨氧化菌的群落结构分布和丰度；本发明操作简单、成本低廉、检测迅速、序列分析准确度高，能够定性分析氨氧化菌的不同群落结构组成，定量分析氨氧化菌不同种属的丰度，并且可同时对多个样品分析，具有较强的实用性，易于推广应用。