本发明公开了一种燃料电池混合动力有轨电车多能量源耦合惩罚控制系统,属于燃料电池混合动力能量管理控制领域。包括多能量源系统监控单元接口,用于通信连接燃料电池系统监控单元、超级电容系统监控单元、
锂电池系统监控单元以及牵引驱动系统直流母线监测单元;耦合惩罚控制单元,其根据整车实时牵引工况和多能量源工作特性实现燃料电池系统、超级电容系统、锂电池系统自适应能量分配,并根据各能量源性能衰减特性对自适应能量需求分配进行预测修正,确保整车运行稳定性的同时,使得燃料电池系统工作于实时最优净功率输出、超级电容系统和锂电池系统工作于期望荷电状态范围内,提高各能量源系统工作效率,延长各能量源的循环使用寿命。