简介： 本发明实施例提供了一种燃料电池系统以及一种新能源车辆动力总成，通过控制器监测冷却系统中冷却液的温度，并在监测到冷却液的温度低于或等于预设温度时，控制空气供给系统以及氢气供给系统来对反应空腔进行吹扫，以防止电堆内部堵塞。通过控制器控制冷却回路相对于出液管和进液管断开，来使冷却液仅在冷却回路中循环流动，然后控制空气供给系统与出液管连通，来利用空气供给系统提供的空气，将进液管、冷却空腔以及出液管内部的冷却液排空。因此，在低温环境启动燃料电池时，燃料电池的冷却回路中没有冷却液，无需对燃料电池冷却空腔中的冷却液进行加热，减少了燃料电池启动过程的能量消耗以及时间消耗。