简介： 本发明提供了用于表征经修饰的核酸的方法、组合物和系统。在某些优选的实施方案中，提供了用于鉴定核酸序列内的经修饰的核苷酸的单分子测序方法。通过本发明提供的方法可检测的修饰包括：化学修饰的碱基、酶修饰的碱基、脱碱基位点、非天然的碱基、二级结构以及与模板核酸结合的试剂。