简介： 本发明公开了一种潜在活性分子的预测方法，在计算设备中执行，包括步骤：收集多个具有生物活性的小分子化合物的结构数据；对小分子化合物进行两两对比，识别每两个小分子化学物的公共子结构和剩余的可变子结构，其中该两个可变子结构构成一对等排体对；对所有生成的等排体对进行去重后得到每个基团的等排体集合；接收用户输入的待优化分子，识别该分子的母核结构和除该母核结构之外的待替换基团；获取待替换基团的等排体集合，并采用该集合中的每个等排体替换所述待替换基团，得到多个候选分子；以及计算每个候选分子的类药性，并从中选出类药性高的一个或多个候选分子推荐给用户。本发明还一并公开了对应的潜在活性分子的预测装置和计算设备。