miRNA和药物耐药性关联的高效预测方法
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miRNA和药物耐药性关联的高效预测方法
来源:北方有色网
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简介: 本发明公开一种miRNA和药物耐药性关联的高效预测方法,主要包括以下步骤:1、下载数据集,得到miRNA、药物的列表,和关联矩阵A;计算miRNA和药物的高斯相互作用属性核相似矩阵GSM、GSD;2、计算miRNA之间的序列相似性矩阵SSM,计算药物之间的化学结构相似性ESD;3、利用GSM和SSM构建miRNA的相似矩阵SM;且利用GSD和ESD构建药物的相似矩阵SD;4、融合A、SM和SD构建一个全局异构网络G;利用倾斜重启随机游走计算扩散特征,并使用奇异值分解降维;5、计算miRNA‑药物对的Hetesim得分;6、结合扩散特征和HeteSim得分得到特征数据集,训练支持向量机分类器去预测miRNA‑药物的关联关系;7、使用10折交叉验证方法进行验证;应用本发明预测miRNA和药物耐药性关联关系的精度高。
本发明公开一种miRNA和药物耐药性关联的高效预测方法,主要包括以下步骤:1、下载数据集,得到miRNA、药物的列表,和关联矩阵A;计算miRNA和药物的高斯相互作用属性核相似矩阵GSM、GSD;2、计算miRNA之间的序列相似性矩阵SSM,计算药物之间的化学结构相似性ESD;3、利用GSM和SSM构建miRNA的相似矩阵SM;且利用GSD和ESD构建药物的相似矩阵SD;4、融合A、SM和SD构建一个全局异构网络G;利用倾斜重启随机游走计算扩散特征,并使用奇异值分解降维;5、计算miRNA‑药物对的Hetesim得分;6、结合扩散特征和HeteSim得分得到特征数据集,训练支持向量机分类器去预测miRNA‑药物的关联关系;7、使用10折交叉验证方法进行验证;应用本发明预测miRNA和药物耐药性关联关系的精度高。
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标签:化学分析
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