简介： 本发明实施例公开了一种基于图卷积网络的色谱保留指数预测方法及装置，通过化合物的SMLIES信息提取化合物的结构信息并转化为结构矩阵；根据堆叠自编码器对所述结构矩阵进行训练和编码，得到编码矩阵；将所述编码矩阵输入根据训练组和测试组训练得到的图卷积神经网络模型，输出得到色谱保留指数。本实施例从SMILES中提取出化合物分子的拓扑结构及相关信息，对不同大小的化学分子，进入堆叠自编码器后统一编码成固定大小的编码矩阵，在对不同大小的化学分子统一操作过程中，用BP神经网络实现的堆叠自编码器更加准确、快速、节约资源。