用于高通量亚硫酸氢盐DNA-测序的方法和组合物及其用途
用于高通量亚硫酸氢盐DNA-测序的方法和组合物及其用途
来源:北方有色网
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简介:
本文公开了生产适用于化学修饰和高通量DNA测序的DNA模板的新颖方法和组合物。本文也公开了DNA接头设计的方法,其中组分胞嘧啶被5-甲基胞嘧啶取代使得所得接头对亚硫酸氢盐介导的脱氨作用具有抗性。当所述接头连接至双链DNA模板时,后续的DNA变性和亚硫酸氢盐处理将模板DNA胞嘧啶差异脱氨形成尿嘧啶而所连接接头的5-甲基胞嘧啶对这一化学转化具有抗性使得接头序列仍然保持不变。因此可用与未改变接头序列杂交的单一引物组扩增亚硫酸氢盐处理的DNA两条链。也公开了生产具确定甲基化组成的对照模板以优化亚硫酸氢盐反应的条件的方法。在优选的实施方案中,本发明可用于生产适于使用传统的SolexaTM、SOLiDTM或454TM-型DNA测序平台进行全基因组亚硫酸氢盐-DNA测序以研究DNA甲基化的模板。
本文公开了生产适用于化学修饰和高通量DNA测序的DNA模板的新颖方法和组合物。本文也公开了DNA接头设计的方法,其中组分胞嘧啶被5-甲基胞嘧啶取代使得所得接头对亚硫酸氢盐介导的脱氨作用具有抗性。当所述接头连接至双链DNA模板时,后续的DNA变性和亚硫酸氢盐处理将模板DNA胞嘧啶差异脱氨形成尿嘧啶而所连接接头的5-甲基胞嘧啶对这一化学转化具有抗性使得接头序列仍然保持不变。因此可用与未改变接头序列杂交的单一引物组扩增亚硫酸氢盐处理的DNA两条链。也公开了生产具确定甲基化组成的对照模板以优化亚硫酸氢盐反应的条件的方法。在优选的实施方案中,本发明可用于生产适于使用传统的SolexaTM、SOLiDTM或454TM-型DNA测序平台进行全基因组亚硫酸氢盐-DNA测序以研究DNA甲基化的模板。
标签:化学分析
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