简介： 本发明提供了用于表征经修饰的核酸的方法、组合物和系统。在某些优选的实施方案中，提供了用于鉴别核酸序列内的经修饰的核苷酸的单分子测序方法。可通过本文提供的方法检测的修饰包括化学修饰的碱基、酶促修饰的碱基、脱碱基位点、非天然碱基、二级结构和与模板核酸结合的试剂。