从三维结构数据库检索新的配位化合物的方法
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从三维结构数据库检索新的配位化合物的方法
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简介: 三维结构数据库检索对生物高分子配位化合物 的方法, 该方法包括以下的工序, (1)对于2种以上的试验化合物 的三维坐标给予氢键性质编号、分子力场计算用的信息及作成 构象用的信息的第1工序; (2)从生物高分子的三维坐标, 准备配 位体结合区域的物理化学的信息及空位原子的第2工序; (3)对 于第1工序准备的试验化合物的三维坐标给予氢键性质编号、 分子力场计算用的信息及制作构象用的信息、以及以第2工序 准备的配位体结合区域的物理化学的信息为基础, 在不断变化 试验化合物的构象条件下, 使生物高分子和试验化合物对接作 成复合体的结构, 通过评价生物高分子和试验化合物分子间的 相互作用探索上述复合体的最稳定的结构的第3工序; (4)根据 第3工序探索的最稳定复合体结构时的生物高分子和试验化合 物的相互作用能量值, 判断是否将该试验化合物选择为配位候 补化合物的第4工序及(5)对于所有的试验化合物重复第3工序 及第4工序操作的第5工序。
三维结构数据库检索对生物高分子配位化合物 的方法, 该方法包括以下的工序, (1)对于2种以上的试验化合物 的三维坐标给予氢键性质编号、分子力场计算用的信息及作成 构象用的信息的第1工序; (2)从生物高分子的三维坐标, 准备配 位体结合区域的物理化学的信息及空位原子的第2工序; (3)对 于第1工序准备的试验化合物的三维坐标给予氢键性质编号、 分子力场计算用的信息及制作构象用的信息、以及以第2工序 准备的配位体结合区域的物理化学的信息为基础, 在不断变化 试验化合物的构象条件下, 使生物高分子和试验化合物对接作 成复合体的结构, 通过评价生物高分子和试验化合物分子间的 相互作用探索上述复合体的最稳定的结构的第3工序; (4)根据 第3工序探索的最稳定复合体结构时的生物高分子和试验化合 物的相互作用能量值, 判断是否将该试验化合物选择为配位候 补化合物的第4工序及(5)对于所有的试验化合物重复第3工序 及第4工序操作的第5工序。
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标签:化学分析
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