检测大肠杆菌λ噬菌体全基因组碱基修饰单倍型的方法
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检测大肠杆菌λ噬菌体全基因组碱基修饰单倍型的方法
来源:北方有色网
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简介: 本发明公开一种检测大肠杆菌λ噬菌体全基因组碱基修饰单倍型的方法,该方法是先利用SMRT Portal数据分析平台,将大肠杆菌λ噬菌体基因组测序数据选择相应的Protocol协议进行数据分析,然后通过获得的包含大量碱基修饰信息的文件,利用perl语言编写代码找出经化学修饰的碱基完整信息,即包括m4C、m6A和其他碱基修饰的具体位点信息。通过该方法鉴定出的大肠杆菌λ噬菌体基因组中的碱基修饰情况,能够为在构建λ噬菌体载体中研究限制性酶切割λDNA中的效果,外源DNA连接在λDNA序列中的效率,以及在λ噬菌体基因组中有部分基因的表达与大肠杆菌密切相关等方面进一步的研究,提供更多的实用信息,提高工作效率,具有很大的应用价值。
本发明公开一种检测大肠杆菌λ噬菌体全基因组碱基修饰单倍型的方法,该方法是先利用SMRT Portal数据分析平台,将大肠杆菌λ噬菌体基因组测序数据选择相应的Protocol协议进行数据分析,然后通过获得的包含大量碱基修饰信息的文件,利用perl语言编写代码找出经化学修饰的碱基完整信息,即包括m4C、m6A和其他碱基修饰的具体位点信息。通过该方法鉴定出的大肠杆菌λ噬菌体基因组中的碱基修饰情况,能够为在构建λ噬菌体载体中研究限制性酶切割λDNA中的效果,外源DNA连接在λDNA序列中的效率,以及在λ噬菌体基因组中有部分基因的表达与大肠杆菌密切相关等方面进一步的研究,提供更多的实用信息,提高工作效率,具有很大的应用价值。
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标签:化学分析
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