简介： 本文提出了用于进行测序的系统和方法，所述测序包含荧光原位测序。在一个实施例中，共焦时间延迟积分(TDI)线扫描成像系统可以包含在图像传感器前方的各种针孔和/或狭缝孔径机构。所述系统还可以包含在基底上具有聚焦条带的结构，其与待成像的组织样本接触。替代地，这些条带可以被切割成组织样本。所述系统还可以包含配置和方法，其中在流动池的组装期间将组织样本放置在流动池的反应室内，然后对组织样本进行化学操作。所述流动池可以使用开放式容器对组织样本进行化学操作。