简介： 本发明提供了沿着至少一个大分子例如线性生物聚合物对特征进行标记和分析的方法，包括沿着单个解折叠的核酸分子对特定序列基序的分布和频率或这些序列基序的化学或蛋白质组修饰状态进行作图的方法。本发明还提供了沿着这些被标记的大分子来鉴定序列的特征模式或表观遗传变异以用于直接大规模并行单分子水平分析的方法。本发明还提供了适用于这样被标记的大分子的高通量分析的系统。