简介： 本发明公开了一种生物代谢组学数据处理方法、分析方法及装置和应用。生物代谢组学数据处理方法包括筛选出多个待测样品中的差异代谢物的步骤，生物代谢组学数据包括待测样品的液相色谱‑质谱数据，筛选的方法包括：（1）对生物代谢组学数据进行预处理和标准化处理，得到二维矩阵数据；（2）缺失峰补齐处理：对所述二维矩阵数据进行稀疏重构处理，再进行降维处理；（3）对步骤（2）得到的数据进行化学计量分析，筛选出待测样品中的差异代谢物。本发明的方法可用于分析不断有新样品增加，样品收集时间长的代谢组学数据，识别和确定差异代谢物的结构，准确度和精度均较高。