简介： 本发明提供一种保持药物化学性质与功能一致性的药物靶标预测方法及系统，属于计算机辅助药物研发技术领域，获取待预测的药物的化学指纹；利用训练好的特征选择模型，对药物的化学指纹进行处理，得到药物与靶标的相互作用评分矩阵；基于药物与靶标的相互作用评分矩阵，将评分最高的对应靶标，作为该药物的作用靶标。本发明同时考虑药物的化学属性和临床功能，预测药物的可能靶标；将药物的特征向量先投影到蛋白空间，再投影到疾病空间，将药物‑靶标相互作用预测任务由传统单标签分类任务改为了多标签任务，考虑了药物与蛋白质之间复杂的容斥关系；通过保持药物化学相似性、功能相似性的一致性，保持了药物化学性质、分子机制与临床功能的一致性。